明代我国已经开始应用人痘接种法预防天花，直到18世纪英国勤 纳发明牛痘接种后才逐步代替，成为世界医学免疫学的先驱。公元十七至十九世纪，由于传染病的不断流行，人们在同传染病作斗争的过程中，形成并发展了温病学派。如明代吴有性认为传染病的发生，“非风非寒，非暑非湿，乃天地间别有一种异气所感”，他称之为“戾气"。他指出“戾气"的传染途径是自口鼻而入，无论体质强弱，触之皆病。这就突破了中医学历来认为的病邪是由体表进入人体的传统理论，在细菌学尚未出现的十七世纪中叶，这无疑是一伟大创举。

　　清代中医温病学说得到了很大的发展，在治疗温病(包括传染性和非传染性发热性疾病)方面成就的代表人物著作有叶桂的《温热论》、薛雪的《湿热条辨》、吴瑭的《 温病条辨》及王士雄的《温热经纬》等。而且清代医家王清任根据尸体解剖和临床经验写成《医林改错》，改正了古代医书在人体解剖方面的的一些错误，强调了解剖知识对医生的重要性，并发展了瘀血致病理论与治疗方法。

　　自鸦片战争以来，随着西医在中国广泛地传播，形成中医、西医并存的局面。一些医家逐渐认识到中西医各有所长，所以试图把两种学术加以汇通，逐渐形成了中西医汇通学派。其代表人物有唐宗海《中西汇通医书五种》；张锡纯《医学衷中参西录》等。当西方科技文化大量涌入的情况下，与此相应的是社会和医药界对传统的中国医药逐渐有了“中医"、中药"之称，对现代西方医药也因此逐渐称为“西医”、“西药”。

　　民国时期，中国处在半封建半殖民地的社会，科技发展缓慢，由于国民党政府采取废止中医的政策，阻碍了中医药的发展，因而引发了中医药界的普遍抗争。尽管困难重重，但在中医药学术工作者的奋发进取中，中医药仍然有所发展。